В Научно-исследовательском институте сельского хозяйства Крыма создали программу для анализа микробиома
Впервые в программном комплексе объединены семь алгоритмов машинного обучения, а также методы определения различий между микроорганизмами и оценки их состава.
Микробиом — сообщество микроорганизмов, населяющих почву, растения, организм животных и человека, — влияет на урожай, здоровье и устойчивость экосистем. Его изучают с помощью метабаркодинга (определения состава микробов по фрагментам их ДНК).
Проблема:
Анализ дает таблицы с тысячами видов, и для их обработки приходится работать в нескольких программах и писать код. Ученые отмечают, что это долго и чревато ошибками.
Решение:
Биоинформатики разработали и зарегистрировали программный комплекс BIOMIDAS (Bioinformatics Microbiome Integrated Data Analysis System). Он способен оценивать альфа- и бета-разнообразие видов, применять машинное обучение и сетевой анализ для построения карты взаимосвязей микробов.
Точность программы проверили на трех наборах данных — собственных экспериментальных и открытых зарубежных, полученных в признанных программах. Результаты BIOMIDAS совпали с эталонными программами (коэффициент корреляции выше 0,99).
Кому будет полезным?
Сейчас программа рассчитана на специалистов с базовыми навыками анализа биологических данных с помощью компьютера. В следующих версиях программного продукта может появиться загрузка файлов секвенатора, и анализ станет доступен биологам и агрономам без специальной подготовки.
